Родился 12 апреля 1965 года в Харькове.
В 1987 году окончил МИСиС, а также Институт повышения квалификации работников телевидения и радиовещания по специальности «режиссер».
С 1987 года работал на Люблинском литейно-механическом заводе и в Государственном институте проектирования металлургических предприятий (ГИПРОМЕЗ).
В 1988 году поступил на должность администратора Молодежной редакции Центрального телевидения Гостелерадио СССР.
В 1989–1992 – специальный корреспондент программы «Взгляд», избирался секретарем комсомольской организации Молодежной редакции. Являлся одним из авторов телепрограммы «В гостях у сказки» и других программ АТВ.
В 1993–1995 – автор и ведущий программы «Канал иллюзий», затем на Московском телевидении вел программу «Мужские и женские истории».
С 25 июля 1996 года по 16 августа 2003 года – автор и ведущий программы «Моя семья» на канале ОРТ, позднее – на РТР (ныне Россия). Также являлся ведущим программ «На здоровье!» (1999–2001), «Марьина роща» (1998–1999) и «Идеальный мужчина». Был президентом общероссийского движения «Моя семья» (1998–2000). Также является автором скандальных программ: псевдоток-шоу «Окна» и реалити-шоу «Дом-2».
В 1997 году Комиссаров снял как режиссер картину «Корабль двойников» с Владимиром Жириновским в главной роли.
С 1999 по 2011 год занимался политикой; избирался депутатом Государственной думы Российской Федерации III, IV и V созывов. В думе являлся председателем комитета по информационной политике, входил в состав правительственной комиссии по развитию телерадиовещания.
В 2005 году стал попечителем строительства нового Храма Рождества Христова в Немчиновке. Валерия Комиссарова называют ктитором (старостой) немчиновского храма.
До 2010 г. владел холдингом «Моя семья».
В 2011 г. начал выпускать реалити-шоу «Мама в законе».
С 16 ноября по 30 декабря 2015 г. – режиссер и ведущий программы «Наш человек» на канале Россия 1.
Женат, имеет сына и двух дочерей.