Родился 25 мая 1941 года в поселке Веймарн Кингисеппского района Ленинградской области в семье рабочего железнодорожника.
В 1959 году окончил среднюю школу и поступил в Ленинградскую духовную семинарию. В 1963 году по окончании семинарии поступил в Ленинградскую духовную академию, которую окончил в 1967 году.
3 января 1967 года митрополитом Ленинградским и Ладожским Никодимом (Ротовым) в Крестовой церкви при митрополичьих покоях пострижен в монашество с именем Исидор в честь священномученика Исидора, пресвитера Юрьевского, а 5 февраля рукоположен во иеродиакона в Александро-Невском храме Красносельского района города Ленинграда.
7 апреля 1967 года рукоположен во иеромонаха и назначен настоятелем Крестовоздвиженской церкви села Ополье Ленинградской области.
С 12 марта 1970 по 20 апреля 1971 служил настоятелем Покровской церкви села Козья Гора.
С 20 апреля 1971 по сентябрь 1975 года служил священником в Георгиевской церкви города Старая Русса Новгородской области.
В 1973 году возведен в сан игумена.
С 1 сентября 1975 года назначен преподавателем богослужебной практики в Ленинградской духовной академии, а также благочинным академического храма святого апостола Иоанна Богослова.
11 июня 1977 года стал епископом Архангельским и Холмогорским. С 26 июня 1985 года именуется «Архангельский и Мурманский».
12 июня того же года возведен в сан архимандрита.
12 мая 1987 года назначен епископом Краснодарским и Кубанским. С 26 февраля 1994 года именуется «Краснодарский и Новороссийский». С 3 апреля того же года именуется «Екатеринодарский и Кубанский».
10 марта 1989 года возведен в сан архиепископа.
В 1989–1991 годах избирался народным депутатом СССР.
22 февраля 2001 года возведен в сан митрополита.
С 26 декабря 2002 по 7 мая 2003 года временно управлял Ставропольской и Владикавказской епархией в связи с продолжительной болезнью митрополита Ставропольского Гедеона (Докукина).
С 27 марта 2007 по 27 июля 2011 года был ректором Екатеринодарской духовной семинарии.
26 июня 2008 года Архиерейским Собором РПЦ был избран Председателем новоучрежденного церковного суда сроком на четыре года[1].
В связи с достижением 75-летнего возраста подал, согласно уставу Русской православной церкви, прошение об уходе на покой. 3 июня 2016 года Священный Синод отклонил прошение митрополита Исидора.
Скончался8 августа 2020 года.