На службу в милицию Михаил Бородин поступил в 1983 году.
Работал инспектором БХСС ОВД Дмитриевского райисполкома Курской области.
В 1987 году назначен старшим инспектором ОВО при ОВД Дмитриевского райисполкома Курской области;
С 1992 года - оперуполномоченный группы по борьбе с преступлениями в сфере экономики КМ ОВД Дмитриевского района Курской области.
В 1993 году стал заместителем начальника ОВД Дмитриевского района Курской области. В 1995 году зам. начальника ОВД Курчатовского района Курской области – начальником отделения милиции по обслуживанию зоны расположения АЭС.
В 1997 году Михаил Бородин был назначен на должность начальника ОВД муниципального округа Рязанский УВД ЮВАО г. Москвы.
В 1998 году стал зам. начальника ОВД Курчатовского района Курской области, начальником КМ.
В 2002 году переходит на службу в УВД Восточного административного округа г. Москвы, на должность начальника МОБ. Становится начальником Управления собственной безопасности ГУВД г. Москвы.
В 2004 году назначен на должность начальника УВД по Юго-Восточному административному округу г. Москвы.
В 2010 году назначен начальником ГУВД по Свердловской области.
В 2011 году Михаил Бородин стал начальником Главного управления Министерства внутренних дел РФ по Свердловской области.
02 октября 2018 года Указом Президента Российской Федерации назначен на должность начальника ГУ МВД России по Воронежской области.