Родился в 1974 году.
С 2004 года работал заместителем руководителя, с 2006 – руководителем департамента по взаимодействию с органами местного самоуправления администрации Краснодарского края.
С 2012 года – первый заместитель директора департамента внутренней политики.
25 ноября 2015 года был избран председателем избирательной комиссии Краснодарского края, сменив на этом посту Юрия Бурлачко (который возглавлял крайизбирком с 2010 года, а в октябре 2015 года был назначен вице-губернатором по внутренней политике).
Алексей Черненко, проработавший на руководящих должностях в краевой администрации около десяти лет, является крайне непубличным чиновником. Все эти годы он курировал внутреннюю политику (в частности, работу с муниципалитетами).
Господин Черненко, наряду с Бурлачко, входил в команду скончавшегося в 2010 году вице-губернатора Мурата Ахеджака, который считается одним из авторов «ткачевской» политической системы.
Председатель избирательной комиссии Краснодарского края.