Сергей Анатольевич Гапликов родился 29 апреля 1970 года в городе Фрунзе Киргизской ССР (ныне – Бишкек, Кыргызстан) в семье потомственных казаков. Когда Сергею исполнилось три года, родители уехали вместе с ним на строительство Байкало-Амурской магистрали, поэтому детство Сергея прошло в тайге, в Сибири и на Дальнем Востоке.
В 1988–1989 годах Гапликов служил в воздушно-десантных войсках, в роте разведки отдельной десантно-штурмовой бригады в Польше, демобилизовался в звании «гвардии старшина».
В 1995 году Гапликов начал трудовую деятельность инженером-конструктором в Научно-исследовательском машиностроительном институте в Москве, будучи студентом.
В 1996 году окончил Московский государственный технический университет им. Н. Э. Баумана (специальность «Газодинамические импульсные устройства»), а также Московский государственный институт международных отношений МИД России (специальность «Юрист-специалист в области государственного строительства и управления»).
В 1996–2000 годах Гапликов работал на различных должностях в префектуре Восточного административного округа Москвы. Занимался вопросами внешнеэкономической деятельности, межрегиональных и международных связей, а также взаимодействия со средствами массовой информации.
В 2000–2004 годах Гапликов работал в Министерстве экономического развития и торговли РФ. Занимал посты консультанта, заместителя начальника отдела департамента экономики предприятий, заместителя руководителя департамента налоговой политики, затем – департамента стран Европы.
В 2004–2010 годах Гапликов был председателем кабинета министров Чувашской Республики, куда отправился по приглашению главы республики Николая Федорова. В 2004 году Сергей Гапликов сразу же после назначения отправил в отставку действующее правительство и начал формировать новое.
В 2010 году Гапликов был назначен заместителем руководителя аппарата правительства Российской Федерации, где успел поработать с Сергеем Собяниным.
В 2011–2014 годах Сергей Гапликов возглавлял государственную корпорацию «Олимпстрой», которая занималась подготовкой объектов к Олимпиаде 2014 года в Сочи. Гапликов пробыл на этом посту дольше, чем все предыдущие президенты корпорации, и покинул его вместе с упразднением «Олимпстроя» в 2014 году.
30 сентября 2015 года Сергей Гапликов был назначен временно исполняющим обязанности главы Республики Коми.
18 сентября 2016 года был избран главой Республики Коми.
22 сентября 2016 года вступил в должность главы Республики Коми.
2 апреля 2020 года сложил с себя полномочия главы.
Действительный государственный советник Российской Федерации 2-го класса (2010).
Сергей Гапликов женат, воспитывает дочь и сына.
Награды и звания:
- орден «За заслуги перед Чувашской Республикой» (2009);
- медаль ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени (2010);
- орден «За заслуги перед Отечеством» III степени (2014);
- Благодарность правительства Российской Федерации (2012);
- Орден преподобного Сергия Радонежского III степени (2014).