Родился в Тогучинском районе Новосибирской области 20 марта 1950 года.
В 1973 году получил диплом Новосибирского государственного медицинского института и начал работать в Тогучинской центральной районной больнице в должности врача-хирурга.
В 1978 году стал главврачом Коуракской больницы Тогучинского района Новосибирской области.
С 1984 года по1988 год оработал в должности заместителя главврача Тогучинской центральной районной больницы.
В 1988 году сменил место работы, став главным врачом ООО «Санаторий Тогучинский».
В 2000–2005 годах возглавлял Управление соцзащиты населения администрации Новосибирской области.
В 2005 году его назначили на пост руководителя Департамента труда и социального развития Новосибирской области. В сентябре 2007 года департамент был переименован в Департамент социального развития и обеспечения прав граждан на социальную защиту.
В 2010 году он занял пост министра социального развития Новосибирской области.
Бывший министр социального развития Новосибирской области Сергей Иосифович Пыхтин скончался 11 мая 2021 года в возрасте 71 года.