Сергей Борисович Бондарев родился в Новочеркасске 5 августа 1959 года.
После школы окончил с красным дипломом Новочеркасское высшее военное училище связи, а в 1990 году – военную академию связи в Ленинграде. Также имеет юридическое образование, окончил Северо-Кавказскую академию госслужбы при президенте РФ.
С 2000 года по 2006 год работал первым замом главы администрации Новочеркасска по социальным вопросам. Ранее находился на военной службе.
В 2003 году выступил в качестве одного из организаторов проведения в городе Первого Всемирного конгресса казаков.
В 2006 году начал работать в аппарате полномочного представителя президента РФ в Южном федеральном округе. Сначала Сергей Бондарев был главным советником. В 2007 году вступил в должность федерального инспектора, а позже – главного федерального инспектора по Ростовской области.
В 2009 году Указом президента РФ ему был присвоен классный чин «Действительный государственный советник РФ 3 класса».
В ноябре 2010 года он был назначен заместителем губернатора Ростовской области. Ему было поручено курировать вопросы социальной сферы: охрану здоровья населения, социальное развитие, вопросы труда и занятости, архивные дела и государственную регистрацию актов гражданского состояния.
В ноябре 2012 года Сергея Бондарева избрали председателем первой казачей партии России. Ранее он входил в рабочую группу президиума Генерального совета партии «Единая Россия» по защите прав вкладчиков и дольщиков.
Полковник запаса.