В 1991 году окончил с отличием Московский авиационный институт им. С. Орджоникидзе по специальности: «Ракетостроение».
В 1996 году окончил с отличием Высшую школу экономики по специальности «Магистр экономики».
С 1984 по 1999 год работал в негосударственных организациях.
С 07.1999 по 2001 год работал советником заместителя Председателя Правительства Российской Федерации В.Б. Христенко;
С 07.2001 по 2003 год работал в Министерстве природных ресурсов Российской Федерации в должности заместителя Министра природных ресурсов Российской Федерации;
С 2003 по 2004 год работал в Аппарате Правительства Российской Федерации в должности начальника Департамента государственных финансов;
С 2004 по 2013 год работал в государственных структурах и негосударственных организациях;
С сентября 2014 года — заместитель руководителя Федеральной службы по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды;
С сентября 2017 годадо 2 октября 2019 года — руководитель Федеральной службы по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды.
Имеет классный чин государственной гражданской службы — действительный государственный советник Российской Федерации 3 класса.
М.Е. Яковенко женат, воспитывает двух сыновей.
