Президент Ассоциации ветеранов подразделения антитеррора «Альфа».
Член Общественной Палаты Российской Федерации.
Член Всероссийской политической партии «Единая Россия».
Почетный президент Ассоциации ветеранов подразделения антитеррора «Альфа».
В марте 1997 года Гончаров Сергей избран в исполнительный комитет Конгресса русских общин. В мае того же года стал президентом Российского союза предприятий безопасности: крупнейшего корпоративного объединения охранного бизнеса страны. С ноября 1997 года входит в Консультативный совет ФСБ Российской Федерации. В 1997 году Сергей Алексеевич избрался депутатом Московской городской думы II созыва, в 2001 году III созыва. Вновь избран депутатом Думы IV созыва 4 декабря 2005 года. Является членом фракции «Единая Россия». Занимал пост заместителя председателя комиссии Думы по безопасности.
Параллельно, Гончаров являлся членом Московского координационного совета при правительстве Москвы по делам ветеранов и участников боевых операций, членом Совета Клуба ветеранов госбезопасности, членом попечительского совета Народного Пушкинского фонда. Действительный член Российской академии проблем безопасности, обороны и правопорядка. Автор книги «Россия в эру террора».
По предложению Президента России Владимира Путина, 20 марта 2017 года Алексей Гончаров утвержден в составе Общественной палаты Российской Федерации.