Заместитель Генерального прокурора Российской Федерации, государственный советник юстиции 1 класса.
В органах прокуратуры Юрий Пономарев служит более 25 лет, на руководящих должностях – свыше 17 лет. За эти годы исполнял обязанности прокурора г. Грозного и прокурора Чеченской Республики, замещал должности заместителя прокурора Самарской области, прокурора Костромской области.
С 2007 по 2011 годы Юрий Пономарев был прокурором Свердловской области.
С 2011 года Юрий Пономарев работает в Генеральной прокуратуре РФ в должности заместителя генерального прокурора РФ.