Родилась 27 марта 1975 года в Оренбурге.
В 1994 году принимала участие в организации Оренбургского регионального отделения ЛДПР.
В 1997 году окончила Оренбургский государственный педагогический университет. После института работала учителем истории в школе.
В 1998 году были избрана руководителем Оренбургского регионального отделения ЛДПР.
В 2003 году была избрана депутатом Государственной думы Российской Федерации IV созыва по федеральному списку ЛДПР. В Думе сначала являлась членом комитета по экономической политике, предпринимательству и туризму, в 2004 году стала членом комитета по экологии, затем, в том же году, перешла в комитет по делам женщин, семьи и молодежи.
В сентябре 2004 года участвовала в выборах мэра Оренбурга; выборы проиграла, набрав 1,5 % голосов избирателей.
В октябре 2005 года была назначена министром образования Калининградской области, 16 ноября с Афанасьевой были сняты депутатские полномочия. Однако уже через несколько дней Афанасьева ушла с занимаемой должности. Постановление Госдумы о снятии депутатских полномочий с Елены Афанасьевой было отменено.
С 2006 года исполняла обязанности заместителя председателя фракции ЛДПР.
Кандидат исторических наук. В 2007 году защитила диссертацию на тему «Участие Российской Федерации в урегулировании политических кризисов и межнациональных конфликтов на постсоветском пространстве (1992–2003 гг.)» в Институте международного права и экономики имени А. С. Грибоедова. По результатам экспертизы сообщества «Диссернет» в тексте диссертации были обнаружены многочисленные заимствования.
В 2007 году окончила Дипломатическую академию МИД России.
В декабре 2007 года избрана депутатом Государственной думы V созыва. До 2010 года являлась членом Высшего совета ЛДПР ; до 2011 года –председатель Центральной контрольно-ревизионной комиссии ЛДПР.
В декабре 2011 года избрана депутатом Государственной думы VI созыва по партийному списку ЛДПР. Член комитета Государственной думы по вопросам семьи, женщин и детей.
26 сентября 2014 года делегирована правительством Оренбургской области в Совет Федерации своим представителем.
Член Высшего совета ЛДПР, председатель Центральной контрольно-ревизионной комиссии партии, координатор Оренбургского регионального отделения ЛДПР
