С 1984 года по 1986 год стала председателем профкома Министерства мясной и молочной промышленности СССР в Москве. Потом была переведена на должность начальника отдела писем и заявлений трудящихся Управления делами Государственного агропромышленного комитета СССР.
С 1986 года по 1994 год - секретарь-заведующий отделом. Заместитель председателя Московского городского комитета профсоюза работников АПК. Заместитель председателя Московского городского совета профсоюза работников АПК в Москве.
С 1994 года по 2005 год находилась в должности заместителя председателя ЦК профсоюза работников АПК РФ. За активную работу в Профсоюзе награждена Почетными грамотами ЦК Профсоюза, ФНПР, нагрудные знаки ФНПР «За активную работу в профсоюзах» и «За заслуги перед профдвижением России», юбилейной медалью ФНПР «100 лет профсоюзам России».
С 2005 года по настоящее время Агапова Наталья Николаевна работает председателем Центрального комитета Профсоюза работников Агропромышленного комплекса Российской Федерации.