Родился в Новосибирске.
Образование
В 1974 году с отличием окончил Новосибирский институт народного хозяйства по специальности «экономист».
В 1978 году окончил аспирантуру Новосибирского государственного университета.
Карьера
В 1978–1981 годах преподавал политэкономию в Новосибирском государственном университете, Новосибирском институте народного хозяйства.
С 1981 года по 1991 год работал в органах власти Новосибирской области в должностях от начальника отдела областной плановой комиссии до заместителя начальника главного планово-экономического управления.
В 1978–1991 годах – член КПСС.
В 1991–1993 годах – заместитель председателя Новосибирского горисполкома.
В 1994 году был избран председателем городского собрания Новосибирска.
В 1994 – 1995 годах – президент Ассоциации сибирских и дальневосточных городов.
В марте 1996 года избран мэром Новосибирска.
С мая 1997 года – член Совета по местному самоуправлению в Российской Федерации.
С ноября 1998 года – член Совета по местному самоуправлению при президенте Российской Федерации.
В январе 2000 года, во втором туре выборов, избран главой администрации Новосибирской области.
Полномочия члена Совета Федерации были признаны 16 февраля 2000 года.
Был вице-президентом Союза российских городов.
В декабре 2003 года уже в первом туре был повторно избран губернатором Новосибирской области, получив 57,57 % голосов избирателей.
11 октября 2005 года вступил в партию «Единая Россия».
В июле 2007 года полномочия губернатора Новосибирской области были продлены еще на пять лет, после утверждении областным Советом кандидатуры Толоконского, предложенной президентом РФ Владимиром Путиным.
9 сентября 2010 года указами президента РФ Дмитрия Медведева была принята отставка губернатора Новосибирской области и Виктор Толоконский был назначен на должность полномочного представителя президента в Сибирском федеральном округе.
12 мая 2014 года Толоконский был назначен исполняющим обязанности губернатора Красноярского края. 14 сентября Толоконский победил на выборах губернатора, набрав 63,28 % голосов.16 сентября был утвержден в должности губернатора. Был им по29 сентября 2017 года.
Летом 2018 года Виктор Толоконский покинул пост главного советника мэра Новосибирска.
22 июля 2020 года назначен советником губернатора Новосибирской области.