Родился 2 сентября 1960 в станице Новоархангельской Тихорецкого района (Краснодарский край).
Образование
В 1983 окончил Кубанский сельскохозяйственный институт по специальности «механизация сельского хозяйства». Работал руководителем департамента потребительского рынка и ценовой политики администрации Краснодарского края, вице-мэром Краснодара, руководителем краевого департамента комплексного развития курортов и туризма.
Карьера
В 1985 – 1989 годах был секретарем парткома КПСС учебно-опытного хозяйства «Краснодарское».
С 1989 по 1991 год – 1 й секретарь Краснодарского горкома ВЛКСМ.
В 1991 – 1996 годах Пахомов являлся заместителем генерального директора МТПО «Апекс».
С 1996 по 1997 год занимал должность заместителя генерального директора объединения «Кубаньхлебопродукт».
7 октября 2005 года был назначен и. о. главы города Анапы.12 марта 2006 был избран главой города Анапы.
12 января 2009 года Пахомов объявил о своей отставке с поста главы города. На следующий день Пахомов стал вице-мэром Сочи.
20 января 2009 года губернатор Краснодарского края Александр Ткачев назначил Пахомова исполняющим обязанности мэра Сочи. 26 апреля 2009 победил на выборах главы города с результатом в 76,86 % и был избран Главой Сочи. Был переизбран в 2014 году.
9 сентября 2019 года истекли полномочия Анатолия Пахомова как главы города.
С 8 октября 2019 года назначен исполнительным директором ООО «Лукойл-Югнефтепродукт».
Имеет ордена «За заслуги перед Отечеством»IVстепени, «Знак почета» и Русской православной церкви преподобного Серафима Саровского 3-й степени; медали – «Герой труда Кубани», «За доблестный труд», «За выдающийся вклад в развитие Кубани»IIстепени. А также благодарности комитета Государственной Думы по вопросам местного самоуправления и президента АНО «Оргкомитет Сочи – 2014».
Личная жизнь
Женат. Воспитывает сына и дочь. Увлекается туризмом и пляжным футболом.