Председатель Совета директоров ОАО «Скоростные магистрали».
Президент ОО «Российская академия транспорта».
Родился 21 января 1959 г. в Свердловске в семье железнодорожника. В 1981 г. окончил электротехнический факультет Уральского электромеханического института инженеров железнодорожного транспорта (квалификация «инженер путей сообщения – электромеханик»).
В 1997 г. получил второе (экономическое) высшее образование в Уральской государственной академии путей сообщения. Кандидат экономических наук (1999), доктор технических наук (2005).
В 1981-1989 гг. работал в службах энергоснабжения Свердловской железной дороги: до 1984 г. – электромеханик Шарташского участка энергоснабжения Свердловской железной дороги; в 1984-1985 гг. - начальник района электросетей станции Седельниково Шарташского участка энергоснабжения Свердловской железной дороги; в 1985-1989 гг. – начальник Ишимской дистанции энергоснабжения Свердловской железной дороги.
В 1989-1991 гг. работал на строительстве Екатеринбургского метрополитена в должности главного инженера энергоснабжения. После пуска метрополитена в эксплуатацию (апрель 1991 г.) вернулся на Свердловскую железную дорогу на должность заместителя начальника службы энергоснабжения дороги, в том же году стал начальником службы.
В 1996-1998 гг. – главный инженер Свердловской железной дороги.
20 июля 1998 г. назначен заместителем министра путей сообщения РФ, с 14 июля 2000 г. – первый заместитель министра. В феврале 2002 г., после отставки Николая Аксененко с поста министра путей сообщения Мишарин был понижен в должности до «обычного» заместителя.
15 мая 2002 г. назначен начальником Свердловской железной дороги и членом коллегии Министерства путей сообщения Российской Федерации. Принимал участие в политической жизни Свердловской области. В марте 2004 г. был одним из лидеров списка (N3) «Единой России» на выборах Областной думы Законодательного собрания Свердловской области.
С мая 2004 г. – директор Департамента комплексного развития инфраструктуры Министерства транспорта Российской Федерации, с июня 2004 г. по март 2009 г. – заместитель министра транспорта Российской Федерации. В качестве представителя государства возглавлял советы директоров ОАО «Красноярские авиалинии» и Новороссийского морского пароходства. В 2005-2008 гг. был членом совета директоров ОАО «Российские железные дороги». До августа 2009 г. также являлся членом совета директоров екатеринбургского аэропорта «Кольцово». Член генерального совета партии «Единая Россия».
В марте 2009 г. назначен директором департамента промышленности и инфраструктуры Аппарата Правительства Российской Федерации. Имеет классный чин действительного государственного советника Российской Федерации 2 класса (присвоен 5 февраля 2009 г.).
С 23 ноября 2009 года по 14 мая 2012 года занимал пост губернатора Свердловской области.
3 декабря 2012 года назначен Первым вице-президентом ОАО «РЖД» а 6 февраля 2013 — генеральным директором ОАО «Скоростные магистрали», которое занимается строительством высокоскоростной магистрали ВСМ Москва–Казань.
С июля 2018 года по н.в. — председатель Совета директоров ОАО «Скоростные магистрали».
Президент ОО «Российская академия транспорта».
Награды: Государственная премия Российской Федерации в области науки и техники 2003 года (9 сентября 2004); медаль «За развитие железных дорог» (21 февраля 2008); Почетная грамота Правительства Российской Федерации (январь 2009); медаль «100 лет Транссибирской магистрали»; знак «Почетному железнодорожнику» (1998). Лауреат премии имени Черепановых, ежегодно вручаемой в Свердловской области за достижения в области науки.
Соавтор книги «Жизнь и судьба моя – железная дорога: очерки о династиях и людях Свердловской магистрали».